En El crimen del padre Amaro, la historia se centra en un joven párroco, el padre Amaro, quien, a pesar de su condición de clérigo, se ve atrapado en un torbellino de pasiones y contradicciones morales. Aprovechándose de su estatus y la protección de la aristocracia, Amaro se entrega a deseos prohibidos y se sumerge en un mundo de degradación moral.
La trama se complica con la llegada de Amelia, una joven devota que es seducida por el carisma del sacerdote. Amelia, confundiendo su fervor religioso con un profundo amor, se entrega completamente al padre Amaro, lo que desencadena una serie de eventos que revelan las consecuencias devastadoras del celibato y la hipocresía de la iglesia en una sociedad portuguesa marcada por el oscurantismo del siglo XIX.