Linus Baker, el protagonista de la historia, lleva una vida tranquila y monótona. A sus cuarenta años, vive solo en una pequeña casa con un gato travieso y una colección de discos que le hacen compañía. Su trabajo en el Departamento de la Juventud Mágica lo ha llevado a pasar años supervisando orfanatos, pero su vida da un giro inesperado cuando es convocado por la Alta Gerencia para una misión altamente clasificada.
Linus debe viajar a un orfanato donde residen seis niños considerados peligrosos, entre ellos, el Anticristo. Su tarea es determinar si estos niños podrían traer el fin de los días. Sin embargo, se encuentra con el guardián de los niños, Arthur Parnassus, un hombre carismático y enigmático que hará lo que sea necesario para proteger a sus protegidos. A medida que Linus y Arthur se acercan, Linus se enfrenta a la difícil decisión entre su deber y sus sueños.