Magical Boy Volume 2 continúa la historia de Max, un estudiante de secundaria trans que se enfrenta a los desafíos de la vida diaria mientras descubre su herencia mágica. Tras haber sido asignado como femenino al nacer, Max se esfuerza por ser fiel a sí mismo en un mundo que a menudo no lo comprende. Sin embargo, el verdadero desafío comienza cuando su madre le revela un secreto familiar que cambiará para siempre el rumbo de su vida: es descendiente de una larga línea de Magical Girls que deben proteger a la humanidad de un antiguo mal.