La historia sigue a Ryuuko Matoi, una joven guerrera que busca venganza tras la muerte de su padre. Armada con una media tijera roja, Ryuuko se adentra en el instituto Honouji, un lugar donde el terror es la norma y el consejo estudiantil, liderado por la imponente Satsuki Kiryuuin, ejerce un control absoluto. Tras una dura derrota a manos de Satsuki, Ryuuko decide unirse a Senketsu, un uniforme que le otorga habilidades sobrehumanas y que se convierte en su aliado en la lucha contra la opresión. La trama avanza mientras Ryuuko busca no solo derrotar a Satsuki, sino también desentrañar los oscuros secretos que rodean la muerte de su padre.