En Gregor y la Profecía de la Destrucción, la historia continúa tras las aventuras de Gregor en las Tierras Bajas. Después de haber regresado a casa, el protagonista se enfrenta a una nueva crisis cuando su hermana, Boots, es secuestrada y llevada de nuevo a este mundo subterráneo. La desaparición de Boots no es solo un hecho aislado, sino que está en el centro de una antigua profecía que predice la llegada de un guerrero que debe proteger a la sociedad de Regalia de una inminente amenaza: las ratas gigantes.