Seed of Destruction presenta a Hellboy, un demonio que, en lugar de ser la encarnación del caos, se convierte en el salvador del mundo. La narrativa comienza con una investigación de fenómenos sobrenaturales que lleva a Hellboy a descubrir las verdades ocultas de su propia existencia y su conexión con los occultistas nazis que intentaron invocar un avatar demoníaco para cumplir con los deseos de Hitler. Este descubrimiento no solo revela su linaje oscuro, sino que también plantea preguntas sobre su propósito en un mundo que a menudo parece estar al borde de la destrucción.