En Rebelión: Los 100, la historia se sitúa un mes después de que los transbordadores espaciales aterrizaran en la Tierra, un planeta devastado por la guerra. Los protagonistas, conocidos como los cien, han pasado de ser considerados delincuentes juveniles a líderes de su comunidad. Sin embargo, su lucha por la supervivencia se complica con la aparición de un nuevo enemigo: fanáticos religiosos que buscan «curar» el planeta a través de métodos extremos, eliminando a quienes lo habitan.
Clarke, una de las protagonistas, se enfrenta a una difícil decisión cuando varios de sus amigos son capturados. Está decidida a llevar a cabo un plan de rescate, pero se encuentra en desacuerdo con otro de los personajes principales, lo que genera tensión. Mientras tanto, Glass y Wells enfrentan sus propios desafíos: Glass es seducida por un mensaje enigmático y Wells debe retomar su papel como líder.