La trama se centra en un futuro distópico donde la justicia es administrada a través del sistema de evaluación de la criminalidad conocido como Psycho Pass. En esta entrega, la tensión alcanza su clímax con el enfrentamiento final entre los personajes principales:
- Kôgami: Un ex inspector que persigue a su némesis, Makishima, en una búsqueda solitaria que revela nuevos planes y motivaciones del antagonista.
- Akane: La protagonista que sigue el rastro de Kôgami y se ve obligada a tomar decisiones difíciles que cambiarán su vida y su visión del mundo.
- Makishima: El antagonista carismático que desafía el sistema y cuya filosofía pone a prueba las creencias de los personajes principales.