La historia gira en torno a Daisuke Niwa, un joven de 14 años que, tras ser rechazado por su amor platónico, Risa Harada, se siente devastado. En un giro inesperado de los acontecimientos, su decepción provoca una transformación genética que lo convierte en el ladrón sobrenatural conocido como Kaito Dark. Este fenómeno es un rasgo hereditario en los varones de la familia Niwa; la única forma de revertir esta transformación es conquistar a la chica que lo ha rechazado.
Sin embargo, la trama se complica aún más cuando Kaito Dark comienza a desarrollar sentimientos por la hermana mayor de Risa, y su compañero de clase, Satoshi, también experimenta una transformación que lo convierte en su archienemigo. Este enredo de emociones y situaciones crea un conflicto constante y dinámico entre los personajes.