En Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls, nos encontramos con Komaru Naegi, la hermana del conocido protagonista de la saga, Makoto Naegi. Después de haber pasado un año en cautiverio, Komaru logra escapar, solo para descubrir que la ciudad ha sido invadida por un ejército de Monokumas, unos osos mecánicos que se han convertido en símbolo de desesperación y caos. Estos Monokumas son controlados por un grupo de niños conocidos como “Guerreros de la esperanza”, que se dedican a cazar adultos.
En su búsqueda por la libertad, Komaru se encuentra con Touko Fukawa, una figura recurrente de la saga, que la rescata usando unas tijeras. Sin embargo, Touko tiene una personalidad alternativa, conocida como Genocide Syo, que es tanto poderosa como impredecible. Juntas, Komaru y Touko intentarán sobrevivir a este nuevo juego mortal, donde la desesperación y la esperanza se entrelazan de maneras inesperadas.