La historia comienza cuando Conan y sus amigos, durante un tiempo de ocio, conocen a Minami Takayama, una de las integrantes del dúo musical. La trama se complica rápidamente cuando Minami recibe una llamada de la otra miembro del grupo, Shiina. Esta llamada provoca un giro inesperado, ya que Minami es secuestrada por dos misteriosos individuos justo después de salir del bar donde se encuentran.
Conan y sus amigos, al darse cuenta del secuestro, alertan a la policía. Sin embargo, los secuestradores tienen un plan bien elaborado: quieren una cinta de cassette que está en el bolso de Minami. Lo más intrigante es que desean que sean los niños quienes entreguen la cinta en el lugar indicado. Así comienza una carrera contra el tiempo, donde Conan, con su ingenio habitual, se pondrá en acción para resolver el misterio y salvar a las chicas.