El Lince Perdido es una novela que presenta un nuevo caso de intriga protagonizado por Mati, Bruno y Mónica. La historia comienza cuando los planes de Bruno para asistir a un concierto con Mónica se ven interrumpidos por un evento inesperado: un lince es atropellado en una carretera cerca de El Escorial.
Mónica y su compañero de clase Héctor ya sospechaban que podría haber linces en Madrid, pero nunca habían tenido pruebas tangibles. La situación se complica aún más cuando el lince atropellado desaparece misteriosamente, al igual que otro lince que se encontraba en el zoológico.
Esto plantea una serie de preguntas: ¿Quién está detrás de esas desapariciones? y ¿Cuál es su motivación? La Agencia Eñe, un grupo de jóvenes detectives, decide tomar cartas en el asunto y comienza una investigación que los llevará a descubrir secretos sorprendentes.