Jojolion está ambientada en el universo alternativo de Steel Ball Run, donde los personajes y situaciones son revisados y reimaginados. La historia se sitúa en la ciudad de Morioh, un lugar que se ha vuelto icónico en el universo de JoJo. La trama gira en torno a Josuke Higashikata, un joven amnésico que busca descubrir su verdadera identidad y los oscuros secretos de su familia.