En Stone Ocean, la historia sigue a Jolyne Cujoh, la hija de Jotaro Kujo, mientras intenta escapar de una prisión donde ha sido encarcelada injustamente. En este segundo volumen, la trama se intensifica con la llegada de un extraño hombre que investiga los fenómenos extraños que han comenzado a ocurrir en el pueblo, los cuales parecen estar relacionados con la montaña donde Hikaru murió. A medida que el misterio se desarrolla, Jolyne y sus aliados enfrentan no solo a sus enemigos, sino también a sus propios miedos y pasados oscuros.