El manga narra tres historias interconectadas que exploran el amor y las relaciones entre hombres:
- Junjou Romantica: La historia principal gira en torno a Usami, un famoso escritor de novelas BL, y Misaki, el hermano menor de su mejor amigo. La trama se desarrolla cuando Misaki busca la ayuda de Usami para aprobar un examen. A medida que se conocen, Misaki se siente atraído por Usami y descubre que su vida personal está reflejada en las obras de este autor.
- Junjou Egoist: Aquí seguimos a Hiroki, quien ha estado enamorado de Usami durante años, pero guarda sus sentimientos en secreto. La llegada de Nowaki cambiará su perspectiva sobre el amor y la posibilidad de ser correspondido.
- Junjou Terrorist: Esta historia se centra en Miyagi, un hombre que no ha podido superar su pasado y su trágico divorcio. La vida de Miyagi da un giro inesperado con la aparición de Shinobu, quien, sorprendentemente, le confiesa su amor. La relación entre ellos es complicada por la diferencia de edad y el vínculo familiar que comparte Shinobu con la exesposa de Miyagi.