El libro Las Ventajas de Ser un Marginado narra la historia de Charlie, un joven introspectivo y sensible que empieza su primer año de instituto. A través de cartas dirigidas a un amigo anónimo, Charlie comparte sus pensamientos y experiencias, lo que permite al lector adentrarse en su mundo interior.
La historia se centra en la vida de Charlie, quien vive en una familia convencional, con una hermana popular y un hermano mayor que se prepara para entrar a la universidad. Su vida da un giro cuando comienza el instituto y se enfrenta a la soledad y la timidez. Sin embargo, todo cambia cuando conoce a Sam y Patrick, dos amigos que lo introducen a un nuevo estilo de vida lleno de música, fiestas y descubrimientos personales.