La historia sigue a Lyra Belacqua, una niña de once años que vive en un universo alternativo. En su hogar, los dæmons, seres que representan el alma de las personas, son compañeros inseparables. Lyra se embarca en una aventura para descubrir la verdad tras la misteriosa desaparición de niños en Oxford y otras localidades. Armándose de un aletiómetro, un instrumento que le permite conocer verdades ocultas, se dirige al Polo Norte con la esperanza de salvar a los desaparecidos.