Ambientada en el año 2035, la trama se desarrolla dos años después de que el protagonista, Artyom, se convirtiera en el salvador de la población del metro. A pesar de la aparente seguridad que ofrecen las estaciones subterráneas, la paz es frágil y se cierne un conflicto ideológico entre diferentes facciones. Con la esperanza de encontrar una solución, Artyom se embarca en un peligroso viaje hacia la superficie, donde se enfrentará a peligros inimaginables y desafíos que pondrán a prueba sus creencias y su humanidad.