Niichan narra la historia de Yui, un joven que tiene una conexión especial con un chico mayor que él, quien vivía en su vecindario durante su infancia. Esta relación, sin embargo, se ve truncada cuando la madre de Yui los descubre, lo que provoca que el chico desaparezca repentinamente de su vida. Años más tarde, Yui se encuentra con él de nuevo por casualidad, pero el reencuentro no es como él había soñado; el chico ha cambiado y ya no es el mismo que solía ser.