La historia inicia en el presente, en medio de la batalla final entre Hades y los caballeros liderados por Seiya. En un giro inesperado, Hades revela que él y Pegaso fueron amigos en una vida anterior. Este momento de revelación sirve como un portal hacia el pasado, donde se desarrollará la Guerra Sagrada de hace 240 años, un conflicto que costará la vida a la mayoría de los caballeros.
Los personajes principales, Tenma, el nuevo caballero de Pegaso, y Alone, la reencarnación de Hades, son amigos desde la niñez, pero el destino los conducirá a un enfrentamiento que determinará el futuro de la humanidad. Esta narrativa se presenta con un estilo visual renovado y una edición de lujo, completamente a color.