La historia comienza con Jewel, un personaje que ha ganado popularidad en el universo de Sonic, buscando el apoyo de los Chaotix, un grupo de detectives formado por Espio</b, Vector y Charmy. Jewel les advierte sobre el regreso de los Deadly Six, una poderosa banda de antagonistas que ha causado estragos en el pasado.
A medida que los Chaotix se involucran, deben afrontar desafíos tanto físicos como emocionales, mientras intentan desentrañar los planes de los Deadly Six, quienes tienen un plan siniestro que amenaza la paz en su mundo.