En esta intensa secuela de The Maze Runner, Thomas y los Gladers creían que escaparse del laberinto les devolvería sus vidas. Sin embargo, se enfrentan a una realidad devastadora: el mundo exterior es un desierto desolado, donde el gobierno y el orden han colapsado. La humanidad lidia con los efectos de una enfermedad infecciosa conocida como el Flare, que ha transformado a muchas personas en Cranks, seres violentos y desquiciados que acechan en las ciudades en ruinas.
Thomas se encuentra en una búsqueda de respuestas y supervivencia, cuestionándose si en su mente guarda la clave para la libertad o si está condenado a vivir bajo la opresión de la organización WICKED, que parece tener un control absoluto sobre sus vidas.